一是微生物通过代谢将污染物氧化分解为二氧化碳和水等最终产物，或转化为微生物和植物的营养物质，比如光合细菌和芽孢杆菌等，能将恶臭气体硫化氢转化成自身生长所需要的硫元素。

   二是有的微生物含有多糖类黏性物质，可以吸附环境中的污染物。我国土壤重金属污染形势严峻，利用微生物吸附重金属离子，是目前最有发展前景的治污方法之一。

   三是把微生物肥料施入土壤后，有益微生物就成为土壤环境中的优势菌，能抑制病原菌和腐败菌的生长。

   解决土壤污染，有化学方法和生物方法。化学方法就是应用杀菌剂处理土壤，由于化学杀菌剂有好坏“通吃”的特点，在杀灭病原菌的同时，对有益菌的杀伤力会更大，导致土壤中菌群不平衡，可能一时凑效，从长远看却是弊大于利。

   生物方法就是施用微生物肥料。有益微生物形成的绝对种群优势，不仅能“吃掉”病原菌，还能变废为宝。又如，有机肥自然腐熟靠的是天然微生物，因此，有机肥自然腐熟是一个缓慢的过程，大部分农民使用的都是未腐熟或未完全腐熟的有机肥，这种有机肥不但没用反而有害。应用微生物肥料，就能短期内把已经施入土壤中的有机肥腐熟，除掉其中的有害菌，增加对土壤和植物真正有用的有机质。